SMK Negeri 6 Yogyakarta memiliki sejarah panjang sebagai lembaga pendidikan vokasi yang berakar kuat pada pengembangan kompetensi di bidang tata boga, busana, kecantikan, dan pariwisata. Perjalanan sekolah ini dimulai sebelum tahun 1946 dengan nama Sekolah Guru Kepandaian Putri (SGKP). Pada masa itu, SGKP berpindah dari Jakarta ke Yogyakarta ketika Yogyakarta menjadi Ibukota Republik Indonesia. Beralamat di Jalan Hayam Wuruk No. 11, sekolah dipimpin oleh Ibu Kartini Prawirotanoyo dan memiliki tiga kelas keahlian, yaitu A (Memasak), B (Menjahit), dan C (Kerajinan).
Pada tahun 1964, SGKP berganti nama menjadi Sekolah Kesejahteraan Keluarga Atas (SKKA). Di bawah kepemimpinan Ibu Roemijati Soegiharto, sekolah mulai berkembang dengan membuka jurusan Tata Boga, Tata Busana, dan Tata Graha. Pada tahun 1971, SKKA berpindah ke gedung baru di Jalan Kenari 2, kemudian ke Jalan Kenari 4. Pada masa ini pula, sekolah berperan penting dalam lahirnya Sekolah Menengah Teknologi Kerumahtanggan (SMTK) yang kini dikenal sebagai SMK Negeri 4 Yogyakarta.
Tahun 1974 menandai perubahan nama menjadi Sekolah Menengah Kesejahteraan Keluarga (SMKK) di bawah kepemimpinan Ibu Suwarni, yang menjabat hingga masa purna tugasnya. Kepemimpinan kemudian diteruskan oleh PLH Ibu Supartini (1980–1990). Jurusan yang dikembangkan meliputi Boga, Busana, dan Rumah Tangga. Sejalan dengan Kurikulum 1994, pada tahun 1996 SMKK resmi berganti nama menjadi SMK Negeri 6 Yogyakarta, dan masuk dalam kelompok Pariwisata, membuka program keahlian Tata Boga, Tata Busana, dan Tata Kecantikan. Periode ini dipimpin oleh Ibu Soemarti Marjanto, yang kemudian dilanjutkan oleh PLH Ibu PH Soetjipto hingga tahun 1996.
Memasuki masa baru, Bapak Drs. Rudjito menjabat sebagai Kepala Sekolah periode 1996–2000, yang kemudian dilanjutkan oleh Ibu Dra. Ida Farida (2000–2002). Pada masa inilah dibuka Program Keahlian Tata Kecantikan Rambut dan Tata Kecantikan Kulit. Selanjutnya, kepemimpinan diteruskan oleh Bapak Drs. Sumartono (2002–2003) sebelum digantikan oleh Ibu Dra. Nur Istriatmi (2003–2007). Pada periode ini, sekolah membuka Bidang Keahlian Pariwisata melalui program Hotel dan Restoran.
Periode 2008–2012 di bawah kepemimpinan Bapak Drs. Sugeng Sumiyoto, MM membawa berbagai inovasi, antara lain pembukaan Program Keahlian Patiseri (di bawah Tata Boga) serta Usaha Jasa Pariwisata (UJP). Pada tahun yang sama, sekolah mulai menerapkan standar ISO 9001:2000 untuk meningkatkan mutu layanan pendidikan. Puncak capaian periode tersebut adalah peresmian Hotel Training Center “Edotel Kenari” pada 20 September 2008, yang menjadi sarana praktik unggulan bagi kompetensi perhotelan dan pelayanan wisata.
Tahun 2012–2016, sekolah dipimpin oleh Ibu Dra. Darwestri, kemudian dilanjutkan oleh Bapak Drs. Rustamaji, M.Pd. (2016–2019). Perjalanan panjang ini kemudian diteruskan oleh Ibu Wiwik Indriyani, S.Pd., M.Si. (2019–2024) yang membawa SMK Negeri 6 Yogyakarta semakin adaptif terhadap perkembangan teknologi, industri kreatif, dan layanan pendidikan modern.
Mulai tahun 2024 hingga sekarang, tongkat estafet kepemimpinan berada di tangan Bapak Mujari, S.Pd., M.Pd., yang terus menguatkan transformasi sekolah sebagai pusat keunggulan vokasi berbasis layanan, kreativitas, dan Teaching Factory (TEFA).
